Formation Alphafold

PROGRAMME DE NOTRE FORMATION ALPHAFOLD

INTRODUCTION À ALPHAFOLD ET AU REPLIEMENT DES PROTÉINES

• Origine et développements
• Comprendre le problème du repliement des protéines
• Importance des structures protéiques en biologie moléculaire
• Vue d’ensemble des versions d’AlphaFold, en particulier AlphaFold2

BASES DE LA BIOINFORMATIQUE ET DE L’INFORMATIQUE APPLIQUÉE À ALPHAFOLD

• Utilisation des bases de données de structures protéiques
• Commandes UNIX de base pour la gestion des fichiers et répertoires
• Exécution de scripts sur des plateformes de calcul haute performance (HPC)

PRINCIPES DE FONCTIONNEMENT ET ARCHITECTURE D’ALPHAFOLD

• Architecture détaillée et pipeline d’AlphaFold
• Comprendre les entrées et sorties d’AlphaFold2
• Prédiction de structures protéiques avec ColabFold et le code open-source d’AlphaFold2

ANALYSE DES STRUCTURES PRÉDITES ET VALIDATION

• Évaluation des structures prédites d’AlphaFold2 avec les scores de confiance
• Interprétation des scores pLDDT et PAE
• Utilisation d’autres outils pour vérifier la qualité des structures prédites

MODÉLISATION AVANCÉE ET APPLICATIONS DES STRUCTURES PRÉDITES

• Personnalisation des prédictions de structures d’AlphaFold2
• Utilisation des structures prédites pour aborder des questions de recherche plus approfondies
• Contributions de la communauté scientifique à l’amélioration d’AlphaFold2

STRATÉGIES DE COLLABORATION ET COMMUNICATION SCIENTIFIQUE

• Accès et utilisation des publications, du code GitHub et des bases de données officielles d’AlphaFold
• Comment citer correctement les ressources et résultats d’AlphaFold dans les publications scientifiques
• Perspectives futures et suivi des développements actuels d’AlphaFold2